蛋白A (Protein A) 是金黃色葡萄球菌的一個(gè)株系的細胞壁蛋白，它通過(guò)Fc區與哺乳動(dòng)物的IgG結合，天然的啟維益成提供的Protein A，42kDa，含有四個(gè)Ig Fc結合位點(diǎn)，其中2個(gè)是有活性的，而用于純化抗體的，一般是重組的protein A，含有4個(gè)Ig Fc區域結合位點(diǎn)。
蛋白A作為親和配基被偶聯(lián)到瓊脂糖基質(zhì)上即蛋白A瓊脂糖（protein A agarose），可以特異性的和樣品中的抗體分子結合，而使其他雜蛋白不結合，具有*的選擇性。1個(gè)蛋白A分子至少可以結合2個(gè)IgG。啟維益成提供的天然蛋白A 和重組的蛋白A對于IgG的Fc段有著(zhù)相似的特異結合。但重組的蛋白A經(jīng)改造后含有一個(gè)C末端半胱氨酸，可以單一位點(diǎn)偶聯(lián)于瓊脂糖上，降低了空間位阻，增加了與抗體的結合能力。蛋白A與IgG的結合強度很大成度上依賴(lài)于該抗體的種屬和亞型，啟維益成提供的蛋白A瓊脂糖常用于免疫沉淀鼠 IgG2a, IgG2b, IgA, 兔 IgG, 以及人的 IgG1, IgG2和IgG4幾種抗體。
蛋白G是一種源自鏈球菌G族的細胞壁蛋白，分子量25kDa，為三型Fc受體。蛋白G可以與IgG的Fc 區域特異性結合，與Protein A相比對IgG具有更好的結合能力，血清蛋白結合水平更低，純度更高，配基脫落也相對更低。重組蛋白G已經(jīng)除去了與白蛋白及細胞表面結合位點(diǎn)，減少了交叉反應和非特異性結合。因此，它比天然蛋白G和蛋白A有更大的親和力。
蛋白G作為親和配基被偶聯(lián)到瓊脂糖基質(zhì)上即蛋白G瓊脂糖（protein G agarose），可以特異性的和樣品中的抗體分子結合，Protein G能結合所有的人和鼠的IGG抗體亞型，包括鼠的IGG1。Protein G也可以與小鼠的IGG2a和IGG2b結合，而Protein A則不能。
Protein L是從馬格努斯消化鏈球菌分離出來(lái)的能和免疫球蛋白特異性結合的蛋白質(zhì)，分子量36Kd，與蛋白A和蛋白G結合到（抗體）的Fc區不同的是，蛋白L通過(guò)輕鏈相互作用結合的抗體。因為重鏈的任何部分都不會(huì )參與結合相互作用，蛋白L結合更寬范圍的抗體類(lèi)大于蛋白A或G蛋白L結合所有抗體類(lèi)，包括IgG，IgM，IgA的，IgE和IgD的代表。盡管有很寬的結合范圍內，蛋白質(zhì)L不是一個(gè)通用的抗體結合蛋白。 L蛋白結合于那些含有κ輕鏈的抗體，在人類(lèi)和小鼠抗體，抗體分子除了包含κ輕鏈，其余有ι輕鏈。例如，它結合人VκI，VκIII和VκIV亞型但不結合VκII亞型。