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PCR新手指南系列:PCR產(chǎn)物電泳條帶分析
更新時(shí)間:2016-03-16 點(diǎn)擊次數:2278

PCR擴增后一般進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳分析,電泳后一般有以下幾種條帶:
1、引物帶。引物濃度過(guò)高或是擴增效率不是特別高時(shí)都會(huì )有,一般不呈現為細帶,為發(fā)散狀;如果目的擴增產(chǎn)物帶和引物帶都很亮,可以考慮適當降低引物量。

2、引物二聚體帶。比引物跑得慢一點(diǎn),條帶清晰,但如果擴增產(chǎn)物小于100bp時(shí),產(chǎn)物與引物二聚體就不好分別了,建議采用DNA聚丙烯酰胺電泳(不是蛋白質(zhì)的SDS聚丙烯酰胺電泳);如果引物二聚體在優(yōu)化復性溫度后仍然嚴重影響目的產(chǎn)物的擴增,優(yōu)先考慮更換引物設計(因為引物合成的成本比反復優(yōu)化條件的成本低)

3、目的擴增產(chǎn)物帶。其大小與設計大小相同,條帶清晰。

4、非特異擴增產(chǎn)物帶。其大小與設計大小不相同,條帶清晰。一般考慮通過(guò)提高復性溫度來(lái)減少或消除(也可用溫度梯度功能來(lái)尋找*的復性溫度,東勝龍811型PCR儀就有此功能)。如果其片段大小比目的片段大較多,可以通過(guò)減少延伸時(shí)間來(lái)減少或消除(即不給它足夠的延伸時(shí)間)。還有一種非特異擴增產(chǎn)物帶是來(lái)自于逆轉錄PCR實(shí)驗時(shí)的基因組DNA的污染,如果目的擴增產(chǎn)物中有內含子,擴增產(chǎn)物很可能大于目的基因。這種條帶通過(guò)優(yōu)化復性溫度是不能消除的,可以在逆轉錄前用無(wú)RNA酶的DNA酶進(jìn)行樣本處理。

5、模板DNA帶。模板濃度過(guò)高時(shí)可能出現。如果是基因組DNA為模板,條帶可能會(huì )很亂且較大。一般進(jìn)行PCR擴增時(shí),模板濃度都不要太大,否則會(huì )產(chǎn)生一些比目的基因長(cháng)一點(diǎn)的雜質(zhì)DNA(可能不成條帶,也看不到),這是由PCR擴增原理造成的。

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