PCR擴增后一般進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳分析，電泳后一般有以下幾種條帶：
1、引物帶。引物濃度過(guò)高或是擴增效率不是特別高時(shí)都會(huì )有，一般不呈現為細帶，為發(fā)散狀；如果目的擴增產(chǎn)物帶和引物帶都很亮，可以考慮適當降低引物量。

2、引物二聚體帶。比引物跑得慢一點(diǎn)，條帶清晰，但如果擴增產(chǎn)物小于100bp時(shí)，產(chǎn)物與引物二聚體就不好分別了，建議采用DNA聚丙烯酰胺電泳（不是蛋白質(zhì)的SDS聚丙烯酰胺電泳）；如果引物二聚體在優(yōu)化復性溫度后仍然嚴重影響目的產(chǎn)物的擴增，優(yōu)先考慮更換引物設計（因為引物合成的成本比反復優(yōu)化條件的成本低）

3、目的擴增產(chǎn)物帶。其大小與設計大小相同，條帶清晰。

4、非特異擴增產(chǎn)物帶。其大小與設計大小不相同，條帶清晰。一般考慮通過(guò)提高復性溫度來(lái)減少或消除（也可用溫度梯度功能來(lái)尋找*的復性溫度，東勝龍811型PCR儀就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大較多，可以通過(guò)減少延伸時(shí)間來(lái)減少或消除（即不給它足夠的延伸時(shí)間）。還有一種非特異擴增產(chǎn)物帶是來(lái)自于逆轉錄PCR實(shí)驗時(shí)的基因組DNA的污染，如果目的擴增產(chǎn)物中有內含子，擴增產(chǎn)物很可能大于目的基因。這種條帶通過(guò)優(yōu)化復性溫度是不能消除的，可以在逆轉錄前用無(wú)RNA酶的DNA酶進(jìn)行樣本處理。

5、模板DNA帶。模板濃度過(guò)高時(shí)可能出現。如果是基因組DNA為模板，條帶可能會(huì )很亂且較大。一般進(jìn)行PCR擴增時(shí)，模板濃度都不要太大，否則會(huì )產(chǎn)生一些比目的基因長(cháng)一點(diǎn)的雜質(zhì)DNA（可能不成條帶，也看不到），這是由PCR擴增原理造成的。