在PCR儀上完成一個(gè)PCR反應所需要的時(shí)間決定于以下幾個(gè)因素：
1、模塊升溫和降溫時(shí)間
2、模塊與PCR管內溫度平衡時(shí)間
3、延伸時(shí)間
4、循環(huán)次數
下面就以上幾點(diǎn)做一點(diǎn)分析，以便大家了解快速PCR技術(shù)與快速PCR儀的區別。

1、模塊升溫和降溫度時(shí)間
PCR儀一般會(huì )標明升溫速度和降溫速度，但標的大多是zui大變溫速度，也就是說(shuō)是瞬間達到的速度。而與實(shí)驗相關(guān)的平均升降溫速度只有極少量廠(chǎng)家標明。以平均2度和4度（能做到平均升降溫4度的儀器極少）來(lái)計算，從95度降到55度，分別是20秒和10秒，每一個(gè)循環(huán)差20秒鐘。以一般35個(gè)循環(huán)來(lái)計算，影響實(shí)驗時(shí)間700秒，也就是不到12分鐘。實(shí)際還要考慮過(guò)沖問(wèn)題，影響時(shí)間還會(huì )少些。

2、模塊與PCR管內溫度平衡時(shí)間
模塊溫度達到后，PCR管內的溫度遠沒(méi)有達到（塑料和水的導熱系數比鋁塊差300倍以上），需要時(shí)間來(lái)使二者達到平衡。一般有四種辦法來(lái)減少這一時(shí)間，一是讓模塊溫度過(guò)沖，在管內溫度快達到時(shí)降到目標溫度，但太高的過(guò)沖可能造成實(shí)際溫度過(guò)沖，影響PCR反應結果；二是減少PCR反應液的體積，但體積變小時(shí)PCR反應的可靠性會(huì )降低；三是降低PCR管的厚度，但太薄時(shí)強度不夠；四是增加PCR管與模塊貼附程度。

3、延伸時(shí)間
延伸時(shí)間與PCR產(chǎn)物的長(cháng)度和DNA聚合酶的合成速度有關(guān)。如果PCR產(chǎn)物長(cháng)度少于100bp時(shí)，可能考慮將延伸時(shí)間變?yōu)?（即兩步法）；采用高速的DNA聚合酶也是常用的方法，但并不是所有PCR實(shí)驗都可以用高速的DNA聚合酶。

4、循環(huán)次數
循環(huán)次數與模板量及檢測要求相關(guān)。

所謂快速PCR技術(shù)是將快速PCR儀與超薄管（或特殊貼附技術(shù)）以及高速DNA聚合酶等技術(shù)整合在一起，可達到較短時(shí)間完成PCR反應。而一些廠(chǎng)家在向用戶(hù)推銷(xiāo)PCR儀時(shí)，不去說(shuō)明快速PCR技術(shù)，只強調PCR儀速度快（大都用zui大升降溫速度來(lái)HuYou用戶(hù)）。好像買(mǎi)了快速PCR儀后，原來(lái)1個(gè)半小時(shí)的擴增時(shí)間變會(huì )縮短成半小時(shí)似的。而用戶(hù)采購了快速PCR儀后才發(fā)現并不那么回事。有不少用戶(hù)采用快速模式根本就做不出好的實(shí)驗結果。特別是進(jìn)行多重PCR擴增的用戶(hù)，如*系統用于身份鑒定的試劑。

快速PCR技術(shù)與快速PCR儀是兩回事?？焖貾CR儀zui多只能縮短PCR反應時(shí)間10分鐘左右，要實(shí)現真正的快速PCR反應，還需要其他一些努力。大多數用戶(hù)根本就不需要快速PCR技術(shù)。