怎樣選擇保護柱，但又不影響分離分析？通常，在選擇保護柱之前先要考慮的是樣品是否清潔，對于大部分分析工作者來(lái)說(shuō)，只1cm長(cháng)的保護柱便能充分的保護作用。但是，如果樣品非常不清潔，或工作中發(fā)現經(jīng)常要更換1cm的保護柱，那么就應該選用2cm或3cm的保護柱，保護柱越長(cháng)自然所裝填的色譜填料就越多，則其保護性能越好，當然隨著(zhù)保護柱長(cháng)度的增加，樣品的保留時(shí)間也相應增加，般來(lái)說(shuō)，保護柱的內徑與分析色譜柱的內徑相同或相當即可。
       保護柱的填料裝填方式也很重要，目前有薄膜裝填法的保護柱，使用過(guò)程簡(jiǎn)單方便，而且可以在實(shí)驗室中進(jìn)行干裝。但是，其大的缺點(diǎn)是不經(jīng)濟，特別是針對中的具體情況，次性使用相對費用較。另外，薄膜裝填法的保護柱所裝填的色譜填料有限，只能很有限的保護作用；不過(guò)也因為所裝填的色譜填料較少，保護柱的長(cháng)度也較短，所以對分析樣品的保留時(shí)間的影響也很小。
       另種保護柱結構其實(shí)質(zhì)是縮短了色譜分析柱，設計方式上有直連式/手緊式或整體式。整體式設計是由色譜柱的生產(chǎn)廠(chǎng)商直接安裝在色譜分析柱上的，必須與色譜分析柱同訂貨，可以非常方便的使用，但不能被修改。直連式結構設計可以在任何時(shí)候由色譜工作者來(lái)安裝連接，可以與任何品的色譜柱連接使用，而且可以根據不同的樣品選擇合適的保護柱長(cháng)度。手緊式保護柱從結構上講是與直連式保護柱樣，只是在連接時(shí)不用借助扳手等工具，直接用手上緊即可。另外從保護柱結構的角度看，保護柱結構又分為是否可以更換保護柱柱芯，現在大多數的保護柱均可以更換柱芯，可以降低保護柱的使用成本。
       大多數人是根據色譜分析柱的填料來(lái)選擇保護柱的填料，正常情況下可以選擇與分析色譜柱樣的色譜填料。但是，根據實(shí)際的分析工作，也可不必與分析色譜柱的填料*匹配。
       對于選擇保護柱的原則是：在滿(mǎn)足分離分析要求的前提條件下，盡可能的選擇較短的保護柱，盡可能選擇對分離樣品小些保留性的填料。