實(shí)驗原理
    瓊脂糖凝膠電泳常用于分離、鑒定 DNA、RNA 分子混合物，以瓊脂凝膠作為支持物，利用 DNA 分子在電場(chǎng)中時(shí)的電荷效應和分子篩效應，達到分離混合物的目的。DNA 分子在高于其等電點(diǎn)的溶液中帶負電，在電場(chǎng)中由陰極向陽(yáng)極運動(dòng)。在一定的電場(chǎng)強度下，忽略DNA分子攜帶的電荷，DNA 分子的遷移速度取決于分子篩效應，即分子本身的大小和構型是主要的影響因素。DNA 分子的遷移速度與相對分子量成反比。
    不同構型的 DNA 分子的遷移速度不同。如環(huán)形 DNA 分子樣品，其中有三種構型的分子：超螺旋分子（cccDNA）、開(kāi)環(huán)分子(ocDNA)、和線(xiàn)形 DNA 分子(IDNA)。這三種不同構型分子進(jìn)行電泳時(shí)的遷移速度大小順序為:cccDNA＞IDNA＞ocDNA。
    核酸電泳通常使用瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠兩種介質(zhì)。瓊脂糖是一種聚合鏈線(xiàn)性分子；聚丙烯酰胺凝膠由丙烯酰胺（Acr）在 N,N,N′-四甲基乙二胺（TEMED）和過(guò)硫酸銨（AP）的催化下聚合形成長(cháng)鏈，并通過(guò)交聯(lián)劑 N,N′-亞甲雙丙烯酰胺（Bis）交叉連接而成。瓊脂糖凝膠適合分離200bp至近50kb的DNA片段，而聚丙烯酰胺凝膠對于小片段（5bp-500bp）的分離效果很好，且分辯力*。選擇不同濃度的凝膠，可以分離丌同大小范圍的 DNA 分子。電場(chǎng)強度愈大，帶電顆粒的運動(dòng)赹快。但凝膠的有效分離范圍隨著(zhù)電壓增大而減小，所以電泳時(shí)一般采用低電壓，不超過(guò) 6V/cm。而對于大片段電泳，可以選擇 0.5-1.0V/cm 電泳過(guò)夜。如果選擇高電壓電泳，可使用聚丙烯酰胺凝膠。
    核酸電泳常采用 TAE、TBE、TPE 三種緩沖系統。TAE 價(jià)格低廉，但緩沖能力低。TPE 在進(jìn)行 DNA 回收時(shí)，會(huì )使 DNA 污染磷酸鹽，影響后續反應。所以綜合考慮，多采用 TBE 緩沖液。
    核酸電泳中常用的染色劑是溴化乙錠（EB）。溴化乙錠是一種扁平分子，可以嵌入核酸雙鏈的配對堿基之間。在紫外線(xiàn)照射 BE-DNA 復合物時(shí)，通過(guò)發(fā)光指示核酸的位置。由于EB有較強的揮發(fā)性和毒性，現在大多選擇EB替代品進(jìn)行試驗，比較常用的有g(shù)elred，goldview，ybr-green等，但是整體效果都若于傳統的EB。
材料、試劑及器具
1、材料
合適的Marker（分子量標準）；DNA 樣品
2、試劑
加樣緩沖液（6x或10x）；瓊脂糖；溴化乙錠（EB）。
3、器具
（1）電泳系統：電泳儀、水平電泳槽、制膠板等。
（2）凝膠成像系統或紫外透射儀。
實(shí)驗過(guò)程
1、按所分離的 DNA 分子的大小范圍，選擇合適的比例的凝膠，稱(chēng)取適量的瓊脂粉，放到一錐形瓶中，加入適量的 TBE電泳緩沖液。然后置微波爐加熱至瓊脂粉*溶化，溶液透明。稍搖勻，得膠液。待膠液卻至 60℃左右，在膠液內加入適量的比例的溴化乙錠液。
2、水平放置膠槽，在一端插好梳子，在槽內緩慢倒入已況至 60℃左右的膠液，使之形成均勻水平的膠面。
3、待膠凝固后，小心拔起梳子，使加樣孔端置陰極段放進(jìn)電泳槽內。
4、在槽內加入TBE電泳緩沖液，至液面覆蓋過(guò)膠面。
5、把待檢樣品，按合適比例與加樣緩沖液混勻，用移液槍加至凝膠的加樣孔中。
6、接通電泳儀和電泳槽，并接通電源，調節合適電壓，穩壓輸出，開(kāi)始電泳。
7、觀(guān)察溴酚蘭的帶（藍色）的位置。當其移動(dòng)至約凝膠長(cháng)2/3處時(shí)，可停止電泳。
8、在紫外透視儀的樣品臺上重新鋪上一張保鮮膜，趕去氣泡平鋪，然后把凝膠放在上面。關(guān)上樣品室外門(mén)，打開(kāi)紫外燈（360nm 或 254nm），通過(guò)觀(guān)察孔進(jìn)行觀(guān)察。
注意事項
1、電泳中使用的溴化乙錠（EB）為中度毒性、強致癌性物質(zhì)，務(wù)必小心，勿沾染于衣物、
皮膚、眼睛、口鼻等。所有操作均只能在專(zhuān)門(mén)電泳區域操作，戴一次性手套，并及時(shí)更換。
2、預先加入EB 時(shí)可能使 DNA 的運動(dòng)速度下降15%左右，且不同構型的 DNA 的影響程度不同。所以為取得較真實(shí)的電泳結果可以在電泳結束后再用 0.5μg/ml 的 EB 溶液浸泡染色。EB在光照下易降解，若凝膠放置一段時(shí)間后才觀(guān)察，即使原來(lái)膠內或樣品已加 EB，建議選擇EB溶液浸泡染色。
3、加樣進(jìn)膠時(shí)不要形成氣泡，需在凝膠液未凝固之前及時(shí)**，否則，需重新制膠。
4、電泳時(shí)溴酚蘭在瓊脂糖凝膠中的運動(dòng)速度可以用于參考電泳速度，已實(shí)際電泳條帶運動(dòng)速度為準。
常見(jiàn)問(wèn)題分析